Các châu phủ của Nam Trực Lệ dưới thời nhà Nguyên phạm vi của Giang Chiết Đẳng xử Hành trung thư tỉnh[1] và Hà Nam Giang Bắc Đẳng xử Hành trung thư tỉnh[2].

Năm 1355, Hàn Lâm Nhi xưng là Tiểu Minh Vương, thành lập nhà Tống, lấy niên hiệu là Long Phượng, định đô ở Biện Lương, tiến hành phân chia các địa phương thành các đơn vị hành chính gọi Hành Trung thư tỉnh, gọi tắt là Hành tỉnh. Năm Long Phượng thứ hai (1356), Giang Nam hành Trung thư tỉnh được thành lập với phạm vi khu vực bao gồm 4 phủ Ứng Thiên, Thái Bình, Giang Hoài, Quảng Hưng và 4 lộ Thường Châu, Dương Châu, Lư Châu và An Khánh; cùng năm này đổi tên phủ Giang Hoài thành Trấn Giang.

Năm Long Phượng thứ 10 (1364), Tiểu Minh Vương được Chu Nguyên Chương, lúc này đang là Bình Chương Giang Nam Hành trung thư tỉnh, đưa về Trừ Châu, trung tâm quyền lực nhà Tống chuyển từ Biện Lương về Giang Nam. Trung thư tỉnh được thiết lập đặt tại Giang Nam hành tỉnh, từ đó khu vực này bắt đầu mang danh xưng Trực Lệ; cũng trong năm này nhà Tống tách Lư Châu khỏi Giang Nam và thành lập Giang Hoài hành tỉnh với thủ phủ đặt tại chính Lư Châu.

Năm Long Phượng thứ 12 (1366), Giang Hoài hành tỉnh được sát nhập vào Trung thư tỉnh.

Năm 1368, Chu Nguyên Chương thành lập nhà Minh, lấy niên hiệu là Hồng Vũ, đóng đô tại Ứng Thiên phủ. Triều đình mới bắt đầu lên kế hoạch thiết lập lưỡng kinh, theo đó Ứng Thiên phủ được chọn làm Nam Kinh, còn Bắc Kinh sẽ được chọn lựa giữa Phượng Dương và Biện Lương.

Năm Hồng Vũ thứ 11 (1378), kế hoạch xây dựng Bắc Kinh bị hủy bỏ, triều đình đổi tên Nam Kinh thành kinh sư.

Năm Hồng Vũ thứ 13 (1380), nhân vụ án Hồ Duy Dung mưu phản, triều đình xóa bỏ Trung thư tỉnh, các phủ châu thuộc trung thư tỉnh trước đây chuyển giao cho Lục Bộ quản lý, tuy vậy danh xưng Trực Lệ vẫn được duy trì.

Năm Vĩnh Lạc thứ 19 (1421), triều đình dời đô lên Bắc Bình, kinh sư đổi tên là Nam Kinh, Trực Lệ đổi tên thành Nam Trực Lệ.

Hồng Hy nguyên niên (1425), triều đình dự định chuyển đô về Nam Kinh, đổi tên Nam Kinh thành kinh sư. Tuy nhiên do Minh Nhân Tông mất đột ngột nên kế hoạch dời đô đã bị trì hoãn.

Chính Thống năm thứ 6 (1441), triều đình một lần nữa xác định Bắc Kinh làm kinh sư, từ nay về sau duy trì Nam - Bắc Trực Lệ đến khi nhà Minh sụp đổ.